Bezpečná prevádzka zabezpečuje bezpečnosť personálu. Sterilizátory pary zvyčajne používajú vysokú teplotu a tlak na dosiahnutie sterilizácie. Nesprávna prevádzka môže viesť k nehodám alebo zraneniam. Prostredníctvom prevádzkového školenia sa používatelia môžu naučiť správne prevádzkové postupy a preventívne opatrenia na zníženie rizík.